（ストーリー）
かつて冷戦の時代、二つの敵対する国家のスパイとして戦っていたグレゴリオとイングリッド。二人は最高のスパイとして活躍していた。しかし、その戦いの中で彼らは、敵ながらお互いの力を認め合い、やがてそれが愛へと変わっていった。そして二人は結婚してスパイを引退した。それから9年後、二人の子供とともに経営コンサルタントとして、幸せで静かな日々を過ごす二人のもとに、グレゴリオの昔の組織、戦略事務局ＯＳＳから突然の仕事の依頼が入る。それは、彼のかつての同僚が行方不明になったことに関する調査だった。久しぶりの仕事に使命感を燃やす二人。しかしそれは、グレゴリオとイングリッドを捕まえようとする悪人達の巧妙な罠だった。 （写真をクリックすると拡大します）

二人が捕まったことを知ったグレゴリオの仲間のフェリックスは、彼らが残していった二人の子供、カルメンとジュニに、両親がスパイであることを告げる。驚く二人が現実を理解する暇はなく、なんと彼らのもとにも敵が襲ってくる。初めて知る自分達の家にある秘密の裏口。必死に逃げる二人は、その奥にあった潜水艦スーパーグッピーに乗り込み、ＯＳＳの秘密のアジトへと逃げる。その頃、悪の城に捕らわれている両親は、息子ジュニがいつも楽しみにしていた子供ＴＶ番組「フループ・ショー」のホストとして人気者のフェーガン・フループが悪の親玉であることを知る。そして彼らの誘拐の目的は、昔、グレゴリオたちが創っていた最高のスパイの知識がインプットされた人工脳、“第3の脳”を手に入れることだった。フループたちはそれを埋め込んだ最高のアンドロイド集団、スパイキッズを創りだし世界征服を企んだ。

カルメンとジュニは、ＯＳＳのアジトで偶然に“第3の脳”を発見する。それに気づいたフループたちから逃げ続ける二人。疲れた体を休めようと来た公園に、なんと二人にそっくりな子供達が現れる。彼らは恐ろしい怪力の持ち主で、カルメンとジュニをこてんぱんにやっつけて、サードブレインを奪おうと、足からジェット噴射を出しながら逃げていってしまった。呆然とそれを見守る二人、彼らこそはフループが発明したスパイキッズで、立体コピーマシンを使って本物の人間とまったく同じ体になっていたのだ。いつもケンカばかりしていたカルメンとジュニは、これで一致団結する。様々なスパイグッズを造りだす伯父さんに、超軽量飛行機ＲＸエクスプレインを借りて、遂に敵のアジトに向かうことを決意する。果たしてカルメンとジュニは、遂に手に入れた“第3の脳”を使って完璧なスパイキッズを造りだすことに成功したフループ達をやっつけ、両親を助け出すことができるのだろうか！？

ロドリゲスは企画の段階から、自分が3人の子供を持つ父親であるという実生活の部分でヒントを得ていた。「子供は親の創造力を引き出してくれる。子供はいつでもインスピレーションの源だ」と彼は説明する。「息子たちを喜ばせるために、私はたえず創造力を駆使しなければならなかった。その時の経験から実際に映画に採用したものもある。例えば何年も前、私たちはよく指先に顔を描き、小さな指人形を作っていた。そのアイデアは、フループ城に登場するよ。」
しかしロドリゲスが取り入れたかったのはそれだけではなかった。子供たちの生活で重大な意味を持つおとぎ話のパワーである。

カルメンとジュニ・コルテスは間断なく驚きが続くその世界に足を突っ込むことになり、両親を取り戻す以上のことをしなくてはいけなくなる。二人は恐怖に直面し頭を使って、いかに家族が自分たちにとって大切な存在か理解しなければならないのである。
「『ウィリー・ワンカ』とか、“007”シリーズのイアン・フレミングの童話『チキ・チキ・バン・バン』(68)とか、『星の国から来た仲間』(75)といった、私が子供のころ好きだった映画のように想像力豊かな作品を作りたかった」とロドリゲスは説明する。「でも同時に、これまでにない新しいものも作りたかった。要は子供たちに想像力だけでなく行動力も訴えるファミリー映画の可能性をつつみたかった」
そして最後は彼に家族の力を描くファミリー映画にしたいという頭があった。「家族が一緒にいること自体、一生涯の難しい問題だ。つまり不可能な任務だということだよ。でも苦労してみるだけの価値は十分にある。私は人生において家族ほど報われるものはないと思っているからね」とロドリゲスは語る。「この映画もとても楽しい仕事だったが、家族が結束を固めて頑張ることは、私が生涯をかけて一番やりたいことなんだ」